永信和瑞工程咨詢有限公司實行股東會領導下的董事會負責制，董事會下設總裁辦，對內掌管公司事務、對外代表公司經營，并統籌管理職能系統、經營系統、產品和解決方案系統、CTO辦公室、大灣區公司；另設專項管理委員會負責公司管理，及專業方向引領和質量管控，為公司各領域提供技術支持和專業培訓。?

職能系統下設人力資源與行政管理部、財務管理部，負責公司運營管理工作，促進各系統、各部門有效運轉。

經營系統下設經營管理部、公共關系部、市場部，全面負責公司經營和市場管理。

產品與解決方案系統下設 設計咨詢部、工程監理部、前期咨詢部、造價咨詢部、招標咨詢部。

CTO辦公室規劃統籌信息化建設、質量管理、業務檔案管理、技術研究、技術能力提升管理、資信獎項管理等工作。

大灣區公司下設廣州分公司、深圳分公司。

同時公司下設16家直營分公司和多個城市辦事處。